يتأثر كل من الجهاز المناعي، والتمثيل الغذائي، والأعصاب، وعمليات الجهاز الهضمي بالميكروبات المعوية. يمكن للتحول في ميكروبيوم الأمعاء أن يغير قابلية المضيف للإصابة بالأمراض بسبب آثاره الكبيرة على عدد من الوظائف الفسيولوجية. يبدو أن هناك علاقة متبادلة بين الشيخوخة وتغيرات ميكروبيوم الأمعاء؛ بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن يكون سبب الشيخوخة نفسها عن طريق التلاعب. يمكن أن يكون سبب الشيخوخة المتسارعة التهاب موضعي وجهازي ناتج عن تغير أو خلل في ميكروبيوم الأمعاء